組織架構
組織章程
本基金會設董事會，由15名董事組成，其中董事長1人、董事14人，其職責有四：
- 基金之籌集、管理與運用。
- 工作計畫之制訂及推行。
- 內部組織之規劃及管理。
- 年度收支預算及決算之審定。
第十一屆董事會名單
余範英／余紀忠文教基金會董事長
於幼華／台灣大學名譽教授
林聖芬／國立清華大學副校長兼余紀忠文教基金會副執行長
施振榮／宏碁集團創辦人
許嘉棟／東吳大學暨中信金融管理學院講座教授
劉兆漢／中央研究院院士
朱雲漢／中央研究院院士、台灣大學教授
王汎森／中央研究院院士
陳添枝／臺灣大學經濟系教授
薛 琦／世新大學講座教授
王健壯／世新大學客座教授
錢永祥／中研院院士
葉俊榮／臺灣大學法律系教授
史欽泰／清華大學科技管理學院榮譽講座教授
邱文彥／臺灣海洋大學榮譽講座教授
歷屆董事：黃榮村院長、李亦園院士(歿)、楊國樞院士(歿)、孫震校長、許悼雲院士、朱敬一院士、田弘茂院長、何志欽校長(歿)、胡佛院士(歿)、翁松燃院士、林懷民總監…
公與義小組
自1998年成立，發掘議題、策劃及推動，「公與義」系列是邁向公平與正義的社會為追求的目標，舉辦系列公與義研討會、座談會。針對人文、社會、經濟、政治、國際關係各面向深入探討、進行公共政策對話，邀集專家學者專案研究，進而對政府當局提出政策建言，對國家發展盡心力。成員包括：
黃榮村／考試院院長
王汎森／中央研究院副院長
錢永祥／中央研究院研究員
朱雲漢／臺灣大學政治學系教授
陳添枝／臺灣大學經濟系教授
薛 琦／世新大學講座教授
林聖芬／中國電視公司董事長兼余紀忠文教基金會副執行長
余範英／余紀忠文教基金會董事長
歷屆成員：林萬億、曾巨威、陳庭安、簡錫堦、朱敬一、朱雲鵬、倪炎元、林子儀、康復明…
環境與河川小組
自1990年6月在創辦人余紀忠先生的鼓勵下，提出由淡水河出發，拯救環境的願景，聚集國內環保先進與專家，成立「河川小組」，推動河川的整治，進行水質、水量檢測與調查。二十年來，由河川到環境的關懷，持續不斷；轉型為「環境與河川」主要為推動河川環境保護、水資源整治與國土環境、氣候變遷，巡守台灣條條河川，參與水資源保育，結合各地方政府共研治水白皮書，推動整治。並與鄉土社團、文化工作室合作，共同編著鄉土教材，將河川、海洋、水資源保育的觀念深耕，傳承下一代。成員包括：
於幼華／臺灣大學環境工程研究所教授
歐陽嶠暉／臺灣水環境再生協會理事長
陳鎮東／中山大學海洋地質及化學研究所教授
溫清光／成功大學環境工程系暨研究所教授
林盛豐／實踐大學建築系教授
柳中明／中華民國低碳環境學會理事長
馬以工／前監察委員
李鴻源／臺灣大學土木工程系教授
李永展／中華經濟研究院研究員
汪靜明／臺灣師範大學環境教育研究所教授
葉俊榮／臺灣大學法律學系講座教授
陳伸賢／中興工程顧問公司董事長、前新北市副市長
童慶斌／台灣大學生物環境系統工程學系教授
歷屆成員：張石角、王鑫、蕭新煌、朱雲鵬、陸雲…
