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中央研究院
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中研院為中華民國學術研究最高機關，其掮負人文及科學研究；指導、聯絡及獎勵學術研究；培養高級學術研究人才等任務。
余紀忠基金會董事亦多為中研院士，如早期的楊國樞、胡佛、李亦園至現任的朱雲漢、劉兆漢、王汎森等人。
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工業研究院
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工業技術研究院成立於1973年，是國際級的應用科技研發機構，擁有超過6千位科技研發尖兵，以科技研發，帶動產業發展，創造經濟價值，增進社會福祉為任務。
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行政院國家永續發展委員會
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為順應聯合國自1922年以來對永續環境的重視趨勢，行政院於民國83年8月成立「行政院全球變遷政策指導小組」，民國91年成立「行政院國家永續發展委員會」。
余紀忠基金會余範英董事長曾任行政院國家永續發展委員會委員。
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行政院農業委員會
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農業委員會主管全國農、林、漁、牧及糧食行政事務，對於省（市）政府執行本會主管事務，有指示、監督之責。設企劃處、畜牧處、輔導處、國際處、科技處、農田水利處、秘書室、人事室、會計室、統計室、政風室、法規委員會及資訊中心，各處室並視業務之需要，分科辦事。
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行政院農委會水土保持局
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負責台灣的水土保持、農村再生、山坡地監督與管理、土石流警戒發布等工作。也是水土保持法、山坡地保育利用條例等法規的主管機關，106年度重要計畫包含整體性治山防災、氣候變遷下大規模崩塌防減災計畫、重劃區外緊急農路設施改善、流域綜合治理計畫、農村再生基金等。
曾與基金會合作921地震之後"種樹救水源"計畫。
水土保持局另設有土石流防災資訊網，隨時更新全台土石流訊息:土石流防災資訊網
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行政院農委會林務局
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主管全國森林、保安林的經營管理及自然生態保育等相關業務之推動及其政策、法規之擬訂與執行。林務局也是多數國家森林遊樂區的主管機關，並規劃推動國家步道系統。曾與基金會合作921地震之後"種樹救水源"計畫。
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行政院環境保護署
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主司環境保護，其下設綜合計畫、空氣品質保護及噪音管制、水質保護、廢棄物管理、環境衛生及毒物管理、管制考核及糾紛處理、環境監測及資訊等七業務處。曾與基金會合作翡翠水庫上游整治等工作。
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環境教育終身學習網 |
環境教育終身學習網調整為響應式網頁設計(Responsive Web Design ,RWD)，以提供跨裝置瀏覽體驗，並保留原有網站之重要功能，亦同步推出「新上架影片」功能，歡迎民眾多加使用。 |
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經濟部研究發展委員會
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負責國內總體經濟情勢與政策之研析規劃；行政院核定之重大總體經貿政策、措施、方案之推動、彙整國際經濟情勢之研究及分析；大陸經濟情勢及兩岸經貿重要議題與政策之研究及分析等等。
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經濟部工業局
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掌管全國工業發展任務，秉持專業、效率、主動、創新的服務精神（核心價值），以產業界需求為導向，提供產業全方位服務，致力於帶領台灣工業創新升級、轉型，積極輔導廠商強化經營體質，提高生產力及國際競爭力，並協助企業因應環境之變化。
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經濟部中小企業處
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中小企業創業成長的後盾，迅速有效整合資源，提升競爭力，營造優質中小企業發展環境、優化中小企業經營管理能力、建構中小企業創業創新育成平台等。
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經濟部水利署
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負責水利與自來水政策、法規之擬訂及執行；水利與自來水事業之調查、規劃及興辦之審議、協調與督導；河川流域保育經理之整體調查規劃、治理計畫之擬訂及水土資源經理分工協調事項、水庫調查、水資源利用等等。
基金會在全臺環境及河川治理、河川巡守等工作上多與水利署有合作推動事務。
水利署另設有防災資訊網，隨時更新全台水情防災訊息:經濟部水利署防災資訊網
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內政部營建署
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為國土資源規劃、利用與管理之中央主管機關。辦理全國都市計畫、建築行政、鄉村建設及一般土木、市政工程等業務。
基金會在國土規劃的議題多與營建署有合作推動事務，如下水道整治及國土規劃座談。
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內政部營建署城鄉發展分署
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負責辦理本省區域計畫、省訂都市計畫之研擬及協助縣市政府、鄉鎮市公所擬訂都市計畫等工作。
基金會在國土規劃的議題多與營建署有合作推動事務。
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台灣水圳文化網
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台灣水圳文化網是以台灣農業水圳為題的主題網站，由中央研究院地理資訊專題中心建立，提供水圳文化在文化研究、地理資訊中的發展資訊，並提供於文化學習及學術研究中作為參考與應用。
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我的E政府 |
政府服務入口網「我的E政府」（https://www.gov.tw）於民國90年建置，全新改版，從民眾需求觀點出發，以人生事件流程，例如出生、就學、就業、就養、終老為主軸，聚焦提供民眾人生各階段所需線上服務。 |
