針對學者「假發票」事件，中央研究院長翁啟惠接受專訪時強調，即使法律不完美或制度不合理，大家還是要遵守規定，依法行事，更要努力推動改革。而不是什麼都不做、什麼都不講，拐彎抹角、便宜行事。
翁啟惠重申，學者使用「假發票」報帳，若是「公款私用」，把錢放進個人口袋或跟研究無關用途，就是貪汙，當然不行。若是「公款公用」，買跟研究有關的設備，但不是發票開立的名目，應該是偽造文書，而非貪汙。他希望檢調能進一步了解學者為什麼會這麼做，衡情後從輕量刑。
面對媒體詢問，學界普遍認為「假發票」是「制度殺人」，但翁啟惠在接受本報專訪時，斬釘截鐵地說，「我不會因為制度不合理，就用假發票！」他強調，不能因為法律不完美或制度不合理，就鑽漏洞，這麼做不是學者做研究的正確態度。
他指出，但也不是因此就什麼都不做、什麼都不講，而是要一起推動改革，讓法律或制度更完善，而不是拐彎抹角、便宜行事，甚至把錢放進自己的口袋。
翁啟惠以在美國親身經驗建議政府，補助學者採購研究設備或器材時，由研究機構統籌經費支付及核銷業務，不要讓研究人員或研究助理經手任何採購經費。他說，美國研究人員根據廠商公開的型錄，確定採購廠牌及設備，經研究機構審核之後，就可直接下單。會計人員待設備或器材運抵實驗室，直接把款項付給廠商，研究人員在整個採購流程完全不經手任何金錢。
他進一步指出，很多教授擔心辛苦爭取來的經費繳庫，才想出在廠商處設立公基金，因此他認為研究經費使用的制度應該修改，讓研究經費可以流用到下一年度，甚至有一定比率可以流用到其他研究用途。
翁啟惠認為，利用這次經驗檢討法規制度面，未嘗不是一件好事，尤其目前使用研究經費，如果年終沒有花完，所有經費必須繳庫，但卻得背負執行不力的標籤。
