教育部為督導十二年國教的次長陳益興記兩大功，不只被銓敘部退回，也遭外界質疑。全國教師工會總聯合會副理事長吳忠泰表示，十二年國教功過未定，此時不論是自己或別人代為請功均不宜，會陷陳益興於不義。
教改總體檢論壇成員之一、東吳大學教授劉源俊，對教育部在此時為陳益興記功表示不解，「十二年國教成敗未定，功在哪裡？還未建功，就要記功？」他表示，民間企業員工都等做出成果才記功給獎，政府機關也要看真「功勞」，不應再以「苦勞」為敘獎標準。
十二年國教上路問題多，教育部卻急著為自己人記功嘉獎，立委也批「時機不宜，看不出來功在哪裡？」民進黨立委許智傑表示，教育部長蔣偉寧下鄉時被砲轟，「那麼多問題還沒解決，教育部應該讓馬總統知道」，而不是急著上路及記功。國民黨立委潘維剛也說「還沒開始實施，現在應該不是記功的時候吧！」
不過，國民黨立委陳學聖認為，新制邊做邊改，十二年國教如果沒有陳益興，早就已經倒了。國民黨立委蔣乃辛則說，若以過程論，非以成果論，應該給他鼓勵。
